Je suis en train de tester ça, ça à l'air d'être le seul moyen pour moi de passer un mkv en DVD. devede, bombono, mandvd et brasero ayant échoué.
Update : Nickel, je recommande!

cat file1.avi file2.avi file3.avi > video_draft.avi
mencoder video_draft.avi -o video_final.avi -forceidx -ovc copy -oac copy

a tester - EDIT: marche pas avec les mp4

EDIT2 : tout simplement avec ffmeg

mkfifo temp0 temp1 && ffmpeg -i video1.mp4 -c copy -bsf:v h264_mp4toannexb -f mpegts -y temp0 2> /dev/null && ffmpeg -i video2.mp4 -c copy -bsf:v h264_mp4toannexb -f mpegts -y temp1 2> /dev/null && ffmpeg -f mpegts -i "concat:temp0|temp1" -c copy -absf aac_adtstoasc output.mp4